Hemijska ligacija je set tehnika koje se koriste za stvaranje dugačkih peptidnih ili proteinskih lanaca. To je drugi stepen u konvergentnom pristupu. Prvo se manji peptidi sa 30-50 aminokiselina pripreme konvencionalnom hemijskom sintezom peptida[1]. Oni su potpuno nezaštićeni. Hemijska ligacija je tehnika povezivanja tih peptida putem hemoselektivnih reakcija da bi se dobio jedinstven proizvod, obično u vodenom rastvoru. Sa nekoliko uzastopnih povezivanja, proteini do 200-300 aminokiselina se mogu proizvesti.